Online cursus – gecertificeerde professionele specialisatie in bio-informaticamethoden voor planten van de Universiteit van Toronto

Ontdek de meest interessante informatie over verschillende onderwerpen, waaronder technologie, gezondheid, cultuur en meer. Bezoek onze website voor inspirerende inhoud en professionele informatie.

Suggested by: Coursera (What is Coursera?)

Professional Certificate

starten

No prior knowledge required

Time to complete the course

7-day free trial

No unnecessary risks

Skills you will acquire in the course

  • technieken leren
  • Analytisch denken
  • probleem oplossen
  • communicatieve vaardigheden
  • teamwerk
  • tijdmanagement
  • Presentatie vaardigheden
  • Creatief denken
  • Strategische gedachten
  • Onderzoeksvaardigheden

What you will learn in the course

Courses for which the course is suitable

  • moleculair bioloog
  • Bio-informaticus
  • Onderzoeker op het gebied van plantenbiologie
  • Analyseer RNA-seq-gegevens
  • Fylogenetica-expert
  • Ontwikkelaar van bio-informaticatools
  • Onderzoekt eiwit-eiwitinteracties
  • Genoomgegevensanalysator
  • Expert in datamining in de biologie
  • Analyseert promoters en genetische netwerken

Stage – een reeks van vier cursussen

De afgelopen vijftien jaar hebben er spannende veranderingen plaatsgevonden op het gebied van de plantenbiologie. Honderden plantengenomen zijn gesequenced en gescand, RNA-seq-technologie heeft profilering van genexpressie op een breed niveau mogelijk gemaakt, en de verspreiding van op “-seq” gebaseerde methoden heeft het mogelijk gemaakt om interacties tussen eiwitten en tussen eiwitten en DNA te bepalen. betaalbare prijzen en in grote hoeveelheden. Met deze datasets kunnen we hypothesen genereren met een muisklik of een aanraking van het scherm.

Cursusinhoud

  • Basisvaardigheden en hulpmiddelen op het gebied van bio-informatica:
    • Genbank van NCBI
    • Ontploffing
    • Meerdere sequentie-uitlijningen
    • Fylogenetica met behulp van bio-informaticamethoden I
  • Eiwit-eiwit-interacties
  • Structurele bio-informatica
  • RNA-seq-analyse met behulp van bio-informaticamethoden II
  • 33 unieke online tools voor planten:
    • Genoombrowsers
    • RNA-datamining
    • Promoter- en netwerkanalyses
  • Laatste cursus plantenbio-informatica:
    • Het veronderstellen van een biologische rol van het gen, zijn functie is onbekend
    • Samenvatting in een schriftelijk laboratoriumrapport

Het doel van de stage

Deze specialisatie is nuttig voor elke moderne moleculair bioloog op het gebied van planten die geïnteresseerd is in blootstelling aan de indrukwekkende gegevens waarover onderzoekers beschikken. Tijdens de lessen wordt er enige introductie gegeven over R-programmeren in Bioinformatics II-methoden, maar de meeste tools zijn online-applicaties.

technische eisen
  • Het wordt aanbevolen om toegang te hebben tot een laptop of desktopcomputer.
  • Tools functioneren mogelijk niet als mobiele applicaties op een telefoon of tablet.

Toegepast leerproject

De specialisatie Plant Bioinformatics bij Coursera introduceert fundamentele bio-informaticavaardigheden en -instrumenten, zoals NCBI’s Genbank, Blast, meerdere sequentie-uitlijningen en fylogenetica in Bioinformatica I, gevolgd door eiwit-eiwitinteracties, structurele bio-informatica en RNA-seq-analyse in Bioinformatica II. In de cursus bio-informatica van planten omvatten we 33 online tools die uniek zijn voor planten, van genoombrowsers tot RNA-datamining, promotor- en netwerkanalyses, en meer. Ten slotte gebruikt een cursus voor afgestudeerden in bio-informatica van planten deze tools om een ​​biologische rol te veronderstellen van een gen waarvan functie is onbekend, met samenvatting in een schriftelijk laboratoriumrapport.

Details of the courses that make up the specialization

Bio-informaticamethoden I

Cursus 1 • 19 uur • 4,7 (1.721 beoordelingen)

Cursusdetails

wat ga je leren

  • Prominente projecten in de biologie, zoals de sequencing van het menselijk genoom en onderzoek naar genexpressie met behulp van RNA-seq, microarrays en andere technologieën, hebben een schat aan gegevens voor biologen opgeleverd.
  • De uitdaging voor wetenschappers is om deze gegevens te analyseren en er zelfs toegang toe te krijgen om nuttige informatie te verkrijgen over het systeem dat wordt bestudeerd.
  • De cursus richt zich op het gebruik van bestaande bioinformatische bronnen – voornamelijk programma’s en websites op internet – om toegang te krijgen tot de overvloed aan gegevens en om vragen te beantwoorden die relevant zijn voor de gemiddelde bioloog.
  • Onderwerpen zijn onder meer: ​​uitlijning van meerdere sequenties, fylogenetica, analyse van genexpressiegegevens en eiwitinteractienetwerken.
Het eerste deel
  • Bioinformatica Methoden I (It) houdt zich bezig met databases, Blast, uitlijning van meerdere sequenties, fylogenetica, selectieanalyse en metagenomica.
Het tweede deel
  • Bio-informatica Methoden II houdt zich bezig met het vinden van motieven, eiwit-eiwit-interacties, structurele bio-informatica, data-analyse van genexpressie en voorspelling van cis-elementen.

vaardigheden die je gaat verwerven

  • Categorie: genetische analyse
  • Categorie: Bioinformatische analyse
  • Categorie: Evolutie
  • Categorie: Vergelijkende Genomica

Bio-informaticamethoden II

Cursus 2 • 18 uur • 4,7 (478 beoordelingen)

Cursusdetails

wat ga je leren

  • Prominente projecten in de biologie, zoals de sequencing van het menselijk genoom en onderzoek naar genexpressie met behulp van RNA-seq, microarrays en andere technologieën, hebben een schat aan gegevens voor biologen opgeleverd.
  • De uitdaging voor de wetenschappers is om deze gegevens te analyseren en er zelfs toegang toe te krijgen om nuttige informatie te genereren over het systeem dat wordt bestudeerd.
  • De cursus richt zich op het gebruik van bestaande bio-informaticabronnen – voornamelijk programma’s en websites op internet – om toegang te krijgen tot de overvloed aan gegevens en om vragen te beantwoorden die relevant zijn voor de gemiddelde bioloog.
Het eerste deel
  • Bio-informatica Methoden Ik heb mij beziggehouden met databases, Blast, meervoudige sequentieuitlijning, fylogenetica, selectieanalyse en meta-genomica.
Dit is het tweede deel
  • Bio-informatica Methoden II zullen betrekking hebben op de ontdekking van motieven, eiwit-eiwit-interacties, structurele bio-informatica, analyse van genexpressiegegevens en voorspelling van cis-elementen.

vaardigheden die je gaat verwerven

  • Veel bio-informatica-instrumenten gebruiken.

Bio-informatica van planten

Cursus 3 • 13 uur • 4,8 (240 beoordelingen)

Cursusdetails

wat ga je leren

  • De afgelopen vijftien jaar zijn spannend geweest op het gebied van de plantenbiologie.
  • Van honderden plantengenomen is de sequentie bepaald, RNA-seq heeft een breed expressieprofiel mogelijk gemaakt.
  • De toename van op “-seq” gebaseerde methoden maakte het mogelijk om eiwit-eiwit- en eiwit-DNA-interacties eenvoudig en in grote hoeveelheden te bepalen.
  • Met deze gegevens kunnen we met één muisklik hypotheses genereren.

structuur

  • Elk van de zes praktijkmodules duurt ongeveer zes weken.
  • Een introductie van ongeveer 2 minuten, een theoretisch hoorcollege van ongeveer 20 minuten, een praktijkpracticum van anderhalf uur.
  • Laboratoriumbespreking van ongeveer 20 minuten als er problemen zijn in het laboratorium, en een samenvatting van ongeveer 2 minuten.

Bedekte gerechten [materialen bijgewerkt in juni 2024]

  • Module 1: Genomische databases / voorberekende genenbomen / eiwittools.
  • Module 2: hulpmiddelen voor expressie.
  • Module 3: Hulpmiddelen voor co-expressie.
  • Module 4: Promotoranalyse.
  • Module 5: GO-verrijkingsanalyse en trajectvisualisatie.
  • Module 6: Netwerken verkennen.

Gevorderde cursus bio-informatica van planten

Cursus 4 • 9 uur • 4,7 (27 beoordelingen)

Cursusdetails

wat ga je leren

  • De afgelopen vijftien jaar zijn spannend geweest op het gebied van de plantenbiologie.
  • Van honderden plantengenomen is de sequentie bepaald, RNA-seq heeft een breed expressieprofiel mogelijk gemaakt.
  • In deze cursus zullen we hulpmiddelen gebruiken om een ​​biologische rol te postuleren voor een gen met een onbekende functie.

Deze cursus maakt deel uit van de specialisatie plantenbio-informatica

  • Introduceert belangrijke bio-informatische vaardigheden en inhoud.
  • Ontwikkeld met financiering van de Faculteit der Kunsten en Wetenschappen van de Universiteit van Toronto.